Mivel az iskola jó híre egyre terjedt, mind több és több diák jelentkezett ide, így a hely szűkké vált.
A helyzet akkor oldódott meg, amikor 1943. október 31-én az iskola birtokba vehette új épületét a Lónyay utcában, amelyet a lelkes hívők adományaiból építettek fel. Kiváló tanárok, mint Áprily Lajos, Sain Márton, Benda Kálmán, Gombos Imre, Draskóczy István és további híres növendékek, mint Devecseri Gábor, Farkas Ferenc (zeneszerző), Finta József, Jékely Zoltán, Borzsák István, Ritoók Zsigmond öregbítették hírnevét. Azonban a háború végeztével nem sokáig működhetett tovább a gyönyörű új iskola: elérte az egyházi intézmények legtöbbjének sorsa. 1952-ben államosították. Sok nagyszerű tanítvány, köztük több, még ma is élő akadémikus, vallja, hogy amit életében sikerült elérnie, abban meghatározó szerepe van annak a neveltetésnek, amelyben egykori Alma Materében, a Lónyayban részesült.
Hosszú várakozás után az 1993/94-es tanévben, ha nem is az eredeti épületben, de újra megindulhatott a tanítás ebben a nagy hírű gimnáziumban. Ekkor kezdődött az iskola újabb kálváriája: az eredeti épület visszaszerzéséért folytatott keserves küzdelem, melynek során nem egyszer vonultak utcára a diákok, tanárok és szülők békésen tüntetni.
Évekig folyt az albérletben való tanítás, majd a kitartó küzdelem meghozta gyümölcsét.
A 2000/2001-es tanévet már eredeti helyén kezdhette meg az iskola, abban az épületben, melyet súlyosan elhanyagolt állapotából a rövid nyár alatt kellett használható állapotba hozni.
Ma már, bár még mindig nagyon sok tennivaló van, diákjaink egy folyamatosan szépülő és korszerűsödő iskolaépületben tanulhatnak.
A Lónyay a Magyarországi Református Egyház iskolájaként a legjobb református hagyományoknak megfelelően keresztyén nemzeti szellemben neveli diákjait. Tanáraink - akik között sok a többdiplomás, szakvizsgázott pedagógus - hűen fogadalmukhoz, tudásuk legjavát adva oktatják a diákokat. Mindannyian arra törekszünk, hogy az iskolapadból kikerülve diákjaink művelt, széles látókörű, keresztyén világnézetű, nemzetünkhöz és egyházunkhoz hű emberekként éljenek és tevékenykedjenek.
A 2005/06-os tanévtől a nyolc évfolyamos képzés bevezetésével iskolánk folytatja az ötvenes években megszüntetett gimnázium legjobb hagyományait. Természetesen továbbra is indítunk négy és hat évfolyamos osztályokat is azok részére, akik csak később szeretnének bekapcsolódni a gimnáziumi oktatás rendszerébe.
A nyolc évfolyamos képzés keretében két osztály indul. Az egyik osztályban emelt szinten tanítjuk az angol, ill. német nyelvet. A másik a humán- és kommunikációs ismereteket emelt szinten tanuló osztály, ahol a magyar nyelv- és irodalmat, a történelmet és a művészeti tárgyakat tanítjuk magasabb óraszámban. Különösen nagy hangsúlyt fektetünk a kommunikációs és retorikai készség, azaz a szóbeli megnyilatkozás fejlesztésére.
Új lehetőséget kínálunk. A hat évfolyamos képzés keretében a matematikát oktatjuk emelt szinten azok számára, akik a matematika, a fizika és más természettudományos tárgyak iránt érdeklődnek; de egy általános tantervű osztályt is indítunk.
Nagy gondot fektetünk a nyelvoktatásra. Egyfelől igazodunk a kereslethez, másrészt figyelembe vesszük európai uniós tagságunkból fakadó szükségleteket. Ezért négy évfolyamos képzésünk keretében angol, illetve német nyelvű emelt szinten tanuló osztályt indítunk.
A gimnáziumi oktatás hagyományaihoz híven, a nyolc illetve hat évfolyamos képzés keretében tanulóink középiskolai tanulmányaik első két évében latin nyelvet is tanulnak. A 9. évfolyamtól kezdve minden tanulónknak második idegen nyelvként más lehetőségeket is kínálunk, pl. a francia, az olasz és a spanyol nyelv tanulását. Felsőbb évfolyamos tanulóink részére diákcsere programokat szervezünk európai országokba, melyeknek keretében a tanulók anyanyelvi környezetben ismerkedhetnek egy-egy nyelvvel. Diákjainknak természetesen kötelező a hit- és erkölcstan tanulása. Más vallású tanulóinknak biztosítjuk a katolikus, illetve az evangélikus hitoktatást. A 2000. évben történt beköltözésünk óta iskolánk több új, korszerűen felszerelt szaktanteremmel gazdagodott. Tanulóink vadonatúj, kényelmes, modern technikai eszközökkel ellátott előadókban sajátíthatják el az új ismereteket. Az informatika oktatás jól felszerelt számítógéptermekben folyik.
Diákjaink sokféle szakköri lehetőség között válogathatnak: pl. élő idegen nyelv és latin, kémia, környezetvédelem, történelem, természettudományos és természetvédelmi, számítógépes, rajz és fotó. Az iskola udvarán a kor igényeinek megfelelő, rekortánnal borított futópályát alakítottunk ki, végében távolugró hellyel. Délutáni sportolásra is bőven van lehetőség: kosárlabda, röplabda, tollaslabda, gyeplabda, labdarúgás, küzdősportok.
A nyári szünetben a szabadidő tartalmas eltöltésére festő-, zenei-, evezős-, röplabda-, kosárlabda-, horgász-, valamint idegen nyelvi és történésztáborokat szervezünk. Minden új diákunkat szeretettel várunk a tanévkezdő gólyatáborunkba.
Gimnáziumunk a Károli Gáspár Református Egyetem gyakorlóiskolája. Ez azt jelenti, hogy az egyetem végzős tanár szakos hallgatói nálunk szerzik meg tanítási gyakorlatukat.
